新型コロナ 東京都の陽性率って結構不可解

新型コロナに関して東京都が「陽性率」って言い出したが、その資料などを見ると結構おかしく感じる。。

東京都の陽性率発表の図を2つ添付。1つは5月7日までので、陽性率に関する最初の発表。以下からダウンロードできる。

https://www.fukushihoken.metro.tokyo.lg.jp/hodo/saishin/corona319.html

 

 

2つ目が5月8日までので、以下からダウンロードできる。

https://www.fukushihoken.metro.tokyo.lg.jp/iryo/kansen/youseiritsu.html

 

 

図での下の方の説明が、それぞれ、、。

・陽性率 ：陽性者数の移動平均 ／検査実施件数（陰性確認を除く）の移動平均

・陽性率 ：陽性判明数の移動平均 ／（陽性判明数＋陰性判明数）の移動平均

そもそも7日までの分母の、検査実施件数って間違い、検査人数だろうな～辺りから少し混乱。前後の説明などで。

特に7日のは、分母がどれか、あるいは説明文の移動平均がどこまでかかるか少し疑問に感じた。　（陽性者数の移動平均 ／（検査実施件数（陰性確認を除く））の移動平均　とも受け取れる。

そして図的に厄介なのは、説明のように過去7日での移動平均なので、本来2月15日などは陽性率を出してはいけないはず／出ないはず。それがグラフとしてあるので、移動平均自体を間違って記述したのかと思ってしまう。

 

移動平均にしては、以下のページのようなグラフになるはず。

http://blog.jmiri.net/?p=2181

そのページでの”「予測」が3ヶ月ごと”という文言。ほんとは、予測の発表が3ヶ月ごとという意味じゃなくて、月ごとだけど、過去3ヶ月を元にした予測値。予測というよりも平均値とかの表現が良い。

上をわざわざ示したのは、小池都知事が、陽性率を1週間ごとの算出しか出来ないと言ったこと。移動平均の算出自体は毎日できるはずで？？　上と同じような勘違いというか上のサイトが医療関係の人のため、医療関係の特定グループは、そんな言い方なのかもと思って示した。

細部ではあるが、8日ので、説明文を”陽性判明数”とかにするのなら、凡例も陽性者数じゃなくて、陽性判明数にして欲しい。また、説明文の例えばのくだりで”実績平均”という用語を使ってるけど、厳密には記載してないから少し混乱する。”それぞれの移動平均”あたりのほうがまだましである。

個人的には、まだ　陽性判明数と陰性判明数を、具体的にはどこのデータを用いてるかは気にはなってる。例えば、厚生労働省での日々のずーっと前からのデータ公表のは「陽性者数」。それと同じなら、その言葉にあわせて欲しい。

ネットで、東京都の陽性率に関してはちょっと話題となってるから、東京都も修正した情報で示すと思う。なお、個人的には、東京都の発表、特にデータ関係に飛びつくのは控えた方が良さそうを痛感した。ちとコリゴリ、ドツボにはまりそう。控えるというか、発表直後は止めとく（つもりだ）。

なお、これ以外に東京都のデータについては、感染者の情報にしろ他にも不可解というか非常に的確でないものが多い。都知事の新語なりキャッチフレーズとの対比で、今一感が非常に大きい。改善されてくのか、少し見守りたい。

新型コロナ 緊急事態解除に向けて都道府県比較やってみた

新型コロナウイルスへの出口戦略（小池都知事はフェーズ？）の話しが、ポツリポツリTVなどで話題になってる。海外は、元々感染者数の少ない台湾などはもちろん、一時感染者数や死亡者数の多かったヨーロッパの国々も、解除の方向で具体的に進みつつある。今日辺りのニュースで目についたのは、台湾での観客を含めた野球再開。1000人の人数制限などで対応したとのこと。

大阪モデルの陽性率などの話もあるが、ここでは、都道府県の対比を行ってみたので紹介。感染者ゼロ（今回のデータでは実際は１以下）が直近14日続いてるかを大きな判断材料とした。判断というか、区切り。また、累積の感染者数を並べることで、プラスマイナスが分かるようにしてみた。

作成したグラフが以下。データも右の方に並べている。グラフ図と同じだが、PDFのURLを添付。　

drive.google.com

元データはオープンデータ。具体的には以下のCSVをダウンロード。

https://gis.jag-japan.com/covid19jp/?fbclid=IwAR30DDBBnQRcXnIOoqJmjbs-Z4kYIS0LvHMBqwBbORWRV3TpjYstvrrBrE4

日本国内の発生～2020年5月9日までの、15789例を分析。都道府県別の日毎の感染者数を出し、直近から閾値（今回は1以下）の日が何日続いてるか。岩手県のような感染者ゼロを含め、最大を14日として（比率化せずに）日数比較。日が続いてる数でソート。続いてる日数を緑色で示し、累積感染者数を赤で表示している。累積感染者数は最大値は決めず、そのままの数値で比較している。都道府県は受診都道府県で識別、空港と不明が含まれているのは漏れないようにしておきたかった為。


累積感染者数をそのままの数値によるバーで示しており、連続日数が多くて感染者数が他との比較で見えにくい県があるため、累積感染者数の列幅を大きくしている。

対数化してないこともあり、感染者数の少ない県とそうでない県が大きく違う。積極的に緊急事態解除して良さそうな県と、そうでない県。そうでない県でも、もう少しすれば緊急事態解除かもという県と、しばらく先かなと思える県（都道府県）に分かれるように思う。

なお、千葉県が連続日数が多い割に累積感染者数が多くて、判断迷う所かもしれない。退院者と死亡者を加味したらと思ったが、オープンデータ上では千葉県で退院の旨の記述などがチラホラ。行政側などの更新されたデータでの分析が良さそうである。まっ、今回のは大雑把な分析なので、陽性率を判断材料にするなどでは、どの道、詳細で日々的確に更新されるデータで議論すべきだろう。累積感染者数を人口当たりの方が良いとの意見などもあろうが、それぞれの県が解除の方向に行こうとするかなどで決めていけば良いと思う。さらっと見た感じでは、感染者ゼロに近い状態が続いてる県が多くて、他の数値も含めてああだこうだと言っても時間のロスになりそう。時間のロスは言いすぎであるが、重要指標は追加するとしても、むしろその重要指標に向けた施策や、（実際は行われているだろうが）死亡者や退院者数の把握が重要と考える。

緊急事態解除県に向けて、少し思ってる事を。緊急事態解除県になろうとして、不安の筆頭は他県から流入と感染発生と思われる。緊急事態宣言の根拠法は措置法だけど、国が守ること、都道府県が守ること、特定都道府県が守ること（あるいは出来ること）みたいな区分になっている。特定都道府県＝緊急事態宣言県 から外れても、国がやることや都道府県がやることは生きてる。

なので、空港や臨港での検温などはできる。また都道府県は行動計画作って「動向及び原因の情報収集並びに調査」については書きなさいとしてる。そのため万一感染者が出て、その感染経路を○○県からとか○○県の親戚と接触なんて書くのは問題なし。県の間で情報交換して追跡続けるのは今もやってることだろうからその延長でよいはず。個人データ保護は必須として、むしろ積極的な情報公開が好ましいと考える。県境の交通量調査、ナンバーを元にした移動量の把握も問題なし。（車の検温は少し微妙に思える。法的に出来るかもしれないが、一旦停止させるかとか反発する人達いるし、、。）

パチンコ店などへの要請そのものはOKだけど、緊急事態解除県になったら公表などはNGとなるだろう。ただし、人の集まる所での発生や、単独の発生に関しては、感染症法での消毒などは必須。そんな感じかと思う。

（蛇足めいてるけど、特措法って、本来は市町村が主体。その代行が都道府県という流れ。都道府県内の特定区市町村だけ緊急事態宣言解除へなんてのも当然OK。どちらかと言えば、道路や駐車場などの閉鎖の根拠を探し出すのがキーになるかと思える。）

上のはいずれも多分。法律系の解釈間違ってたらごめんなさいであるが、ふと感じたので記載しておく。

新型コロナ 「買い物は3日に1回」「3密」 スローガン化の弊害

新型コロナウイルスの対策として、小池都知事が数日前から「買い物は3日に1回」と言い出した。スーパーなどでは既に入場制限やトレイ経由のお金のやり取りなど日々対策が向上してる感じがして、呼びかけに少し違和感を覚えた。

小池都知事自身は他の歴代？知事よりも合理的とは思うものの、どうもスローガン化したり端的な用語かとか過度の数値表現が過ぎる時があるように思う。個人的に、そのために以下のような弊害が発生している気がする。

・用語化/スローガン化することで問題が丸められてしまう。スーパーでの感染の課題が、買い物の頻度になってしまう。

・用語化/スローガン化で問題自体が解決したような気になる時すらある。「買い物は3日に1回」にすれば、スーパーでの感染がなくなるみたいな感覚へ。

小池都知事のお願い時に、担当者らしき人のクリップが映し出されて3つ程度あったかもしれないが、メディアでは「買い物は3日に1回」のみに近い。スーパーでは既に色々対策している。消毒や会計での距離確保などは相当前から。フェースガードの代わりにビニール幕を設けたり、トレイ経由での金銭授受やレジの人も手袋着用をやってる所も多い。パンなどの補充を昼にするなどして、客の混雑を分散化しようと検討してるところもあるかもしれない。

それらをやっている所にしたら、3日に1度と言われて早朝に殺到される方が困るだろうにと思ってしまう。そのような対策をまだ十分にやってない所へは、基本的な事項の啓蒙の方が重要である。「買い物は3日に1回」だけが声高に言われたら、様々な対策や更なる検討への思考が停止してしまう。そんな危惧もある。

実は、「3密」のスローガン化も少し気になっている。3密は、「密閉」「密集」「密接」 。 図での3つの重なり部分が強調されてる。少なくともそう受け取られやすい。2つが重なった部分にも注意であるが、1つのみでも注意は必要。さらに言えば、もっとも注意すべき”接触”感染が埋もれやすい。「密接」に該当するかもしれないが、「間近で会話や発声をする密接場面」と書かれてしまうと、例えば手摺やエレベータボタンの危険性が薄らいでしまう。

そして問題は、感染発生時に、3密でなかったとか経路不明で片付けられてしまうこと。報道時にというべきかも知れないが。結局、なぜ感染してしまったかを細かく考えなくなってしまってる。あるいは、その情報が伝わらずに、同じような状況での感染が広がってしまう。そちらが問題。プライバシーの保護とか、保健所なり担当部署が忙しいとかがあるだろうけど、全然伝えようとしてないように思えるのが良くない。特に東京都での感染の情報の場合に痛感する。

数日前だったかの海外ニュース 韓国では、院内感染の原因を、1つは前に判明した女性とその人が良く食事をしていた、もう1つは防護服の脱ぎ方が良くなかったようだと報じていた。たいしたことじゃないかもしれないが、一般市民までもがそのような事を知ることで、病院の様子や自分自身の対策への参考になる。ついついその辺りも、PCR検査数以外での韓国の感染者数が少ない要因の1つと考える。（他に、財閥を含め収容施設の突貫工事を積極的に行ったこと、徴兵制が少し絡む「公衆保健医」の投入があったことも大きいと考えるが。）

院内感染に関係するかと思うが、自分がお薬を貰いに行った病院では3月上旬の時点で、駐車場にテント設営して感染が疑われる人はそちらに。自動ドアを手動にして、眼鏡等で完全防御の看護師さんが傍に。非接触で体温測って、足踏みタイプで消毒見届ける。そして予約確認を行っていた。駐車場のテントは昨年も見かけて、インフルエンザ対策。一時期スポーツジムが再開したけど、その際にで見たジムでは、丸テーブルはテレビのある談話スペースなども廃止して、椅子は間隔を広げて一方向へ。長椅子には真ん中に座らないでと書いた掲示をおいて、両脇のみにとしていた。NHKでの北九州での院内感染では、共有の「飲食スペース」での清潔区域とウイルス汚染区域のゾーニングが不十分だったとの報道があった。清掃スタッフを清潔区域とウイルス汚染区域で分けたり、清掃が清潔区域とウイルス汚染区域 に変わる際に手袋や防護服を着替える必要がある。 東京都などの院内感染って、その程度への備えはやってての院内感染なのか、疑問となる。

また、特に自宅等での感染対策も気になっている。新型コロナウイルスがニュースになりだした頃、エレベーターの話などと共に、家族の使用タオルを分けるとか、感染者がいたらと思うがその人のお風呂は最後とか、結構具体的な話が出てた。ところが最近はその話がないし、新しい譲歩を元にした更新版での話しが無いと思える。3密や買い物の3日に1回に、時間が割かれてしまってる。自宅待機への対応を行うためにも、それらの対策をもう一度考えるべきかと思う。なお、自宅待機をお願いする際に保健所等から注意書きを渡すはずと思っているが、その注意書きも再度確認したほうが良いと考える。

消毒に関しても、頻度や箇所も再確認した方が良いだろう。個人的には、トイレのノブそのものよりも、トイレタンクのノブの消毒が気になる。また、ツルツルのソファーの消毒や、ドーンと座ることでの飛翔なども気になる。本ソファーの件は、陽性でクラブに出向いて大騒ぎ、その後死亡した男性から感染した女性がソファー絡みだったので気になってる次第。

そういった感染原因を保健所等で調べて、関係者や報道含めた一般人に、可能な限り情報公開することで、感染拡大を防ぐことに大きく役立つと考える。

なお蛇足的だが、原因等を探る場合に、答えてくれそうな人には気になる事項を確認する事は悪くないと考える。直近ではBCG接種が感染率に関係していそうとの論文だか指摘があるようだ。日本人なら国籍と年齢で分かるわけだけど、今回の新型コロナは外国人の感染も多いので、ゼロ視点で調べるくらいの気持ちの方が良い。また、例えばインフルエンザ予防接種など、通常のインフルエンザで確認するような項目も可能であれば聞いておくべきと考える。

今回の新型コロナウイルスは変異の関係なのか、従来のウイルスと比べて不可解なことが多すぎる。検査に関しても、的中率というか正確性が議論されたりしている。そのような状況では、無駄なり初歩的な確認が役立つ場合が考えられる。したがって、ここで述べた感染者の調査は重要であろう。余りスローガン化してぼやかしてしまうよりも、具体的な対策や調査を（も）実行していって、新型コロナを撃退すべきである。

TVドラマ「JIN -仁-」の再放送中に、新型コロナの東京都感染者数

今日は、新型コロナでの外出自粛、そして大雨ということもあって、自宅でのんびりとテレビなどを見てた。チャンネル回してて、たまたま目に留まったのが、TVドラマ「JIN -仁-」。再放送で、当初から予定されてたのか？？　最初の放送の時は、話題になったのは知っていたが、断片的に目にした程度。

今回見始めてしばらくしたら、江戸時代にタイムスリップした主人公が、コロリ（コレラ）に遭遇。焼酎や石灰、そして砂糖と塩による生理食塩水などを利用して治療しようとする。見てたら、ちょうど、新型コロナの東京都感染者数がテロップで表れた。奇遇と思ってパチリ。

しばらくして、ふと思うに、このドラマは視聴率が20％を越えていたようだ。焼酎や石灰の話が、そこそこ浸透してたと思われる。逆に、今回のマスク等でのパニックに近い状況が、対比的に思えてしまった。まっ、最初の放送が10年近く前だからと言えばそうではあるが、、。

ドラマでは主人公以外に長屋の皆や医師らが協力していくが、それらと今の新型コロナ騒動をもついつい比べて考えてしまった。

新型コロナ 「感染経路」が不明って言うけど、、、、

新型コロナウィルス（COVID-19）でのニュース報道などで、”感染経路が不明”との表現が多い。特に東京都の発表の場合。気になったが、もともとの感染経路の意味は、接触感染や飛沫感染などのどれが該当するかという意味。例えば、ウィキなどを参考に。

https://ja.wikipedia.org/wiki/感染経路


それが、直接の濃厚接触者が不明のようにも取れるし、遡っての帰国者まで辿れない事を指すようにも受け取れる。また、もう東京都のような状況では、直接の濃厚接触者は不明でも、濃厚接触が発生したと思われる場所の特定の方が重要に思える。（報道発表は、場所が特定できてないことを感染経路不明としている気もする。）

厳密な事を言えば、新型コロナでは空気感染は起きないだろうというのが、日本での共通認識であると考える。なので、「エアロゾル感染」という言葉が飛び出している。感染経路が特定できてるというのを定義的に解釈すると、接触感染、飛沫感染、エアロゾル感染のどれかを特定できているということ。実際そうなのかとか、空気感染の可能性が無いのかは気になるところ。（空気感染は起きないとの考えとしても、病院などでは新型コロナ以外の可能性があるので空気感染対策するわけで、備えをするのは悪くないというか必然と言える。）

感染経路を辿っていく事を指している場合、どの程度遡れたがの指標を言えるとありがたいと思ったけど、少し難しそう。1次感染、2次感染、、、N次感染として、N-1、N-2....まで辿れたかをどう表現するかということ。そもそも発症でのN次感染者のNがそれぞれ違う。数理モデルも絡むだろうけど、良い表現が無いものか、、。

また、上記での帰国者は国レベルでの元感染者とすると、都道府県にとっては他県からの人が帰国者に該当する。県にとっては、そこまで判明すれば基本的にOKと言える。その辺りもうまく表現できると良いのにと思ったりする。

新型コロナ 東京都の感染者情報について考える

本ブログでの、「新型コロナ　感染者分析について考える」の続編というか詳細情報。

まず、厚生労働省の日々の新型コロナウイルスなどを含む情報は以下。2020年4月分。
https://www.mhlw.go.jp/stf/houdou/houdou_list_202004.html

この中で「新型コロナウイルスに関連した患者等の発生について」の知りたい日のところをクリックすると、人数や都道府県、市（町村？）の情報へジャンプする。情報先が都道府県で統一されて無い件は後述するが、そこで東京都とかをクリックすると東京都の情報へ行き着く。東京都の問題はクリックしてもらえれば分かるけど、直近では職業辺りがブランク。

少し前の3月21日の東京都のデータは以下。
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000610746.pdf

ちなみに3月25日が以下。
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000613048.pdf

21日ではそこそこ埋まってるが、25日でかろうじて書かれてるのは院内感染である旨程度。この後辺りから、直近のそれに似て、ブランク部分が急激に増えている。

大阪府や神奈川県でも、ここまでブランクは増えていない。報道発表というか公開情報なので、東京都自体はデータが整理されて埋まってるのかもしれないが、公開情報だけ見ると危機的に思える。感染経路が不明とニュースでは言ってるけど、（この公情報の限りでは）感染経路を、調べたり情報をまとめる人と時間が足りない状況に思える。

ちなみに上で述べた都道府県と市（町村？）の関係。厚生労働省の発表の日付経由でもいいけど、例えば神奈川県だと以下のページ。
https://www.pref.kanagawa.jp/docs/ga4/bukanshi/occurrence.html

横浜市発表とか川崎市発表などに続いて、「神奈川県平塚、厚木、鎌倉保健福祉事務所管内在住」みたいな表現があり、そちらは県の発表としている。つまり大きな市は独自で発表して県にリンクがあるという格好。”保健福祉事務所”は県内に4つあって、複数の（横浜市などと比較すると）小さな市町村を統括している。また、詳しく調べてないけど、”保健福祉事務所”は都道府県で少し呼称が違うみたい。

市の間や保健福祉事務所でフォーマットが統一されたないとかスキャンだけなど、細部では改善した方がよい事項が少なくないけど、県としてまとまってるし、それなりの情報が記載されている。（感染者の少ない県では、時刻の分レベルで立ち寄った場所が明記されていたりする。）

大阪府での直近でも、細部が分かりにくい事例もあるけど、東京都ほどブランクだらけということは無い。

どうもその辺りが、東京都の問題と思える。また、東京都は、23区それぞれに保健所、八王子市と町田市、そして多摩府中保健所などのようにいくつかの市町村を括ったのが６つある。例えば特定の区がブランクとかだとそこが逼迫してると分かるけど、23区全て、あるいは市町村を含めた全てに影響していると思えるわけである。逆に普段でもインフルエンザ等に対処するため、それなりのデータ処理の効率化や自動化を進めているだろうが、それらもそこそこ機能してるか疑問になるくらい。区の庁舎はそれなりにでかいと思えて、全部の区がそんな状態というのがにわかに信じられないくらいだ。（庁舎と保健所は関係しないのかもしれないけど。）

蛇足的だが、北海道の状況は以下のページ。
http://www.pref.hokkaido.lg.jp/ss/jsk/opendata/covid19.htm

4月4日までの感染者数の図をペーストしておく。

詳細情報とこのカーブの図を見ると、少し安心感が出てくる。ちなみに北海道知事が休校を要請したのが26日で、実施が27日から。知事が非常事態宣言（今や北海道版非常事態宣言というべきかも）を発表したのが28日。図のチャートで、その辺りから患者数が、横ばいから一部高くなってる所はあるけど、直近では下降気味になってる。

休校や非常事態宣言の時の非難めいた記事などもあったようだが、うまく機能してると思われる。しかもその直前では、逆に道の発表が大まか過ぎるとの指摘があって、それで細部情報公表するようにしたはず。まだみち半ばだろうけど、うまく行った事例を考察する上で、そのような市民等の意見や情報公開の仕方も頭に隅に入れていたほうが良いと考える。

新型コロナ 山梨0歳児って再検査とかは？

新型コロナウイルスのニュースで気になってたのが、山梨県での0歳児の感染。4月1日夜のニュースだったが、その後心配停止→ICUや両親とも陰性とのニュースはあったが、今日さっき検索してみたけど、感染経路などの続報が見当たらない気がする。

自分は専門家ではないが、いきなり心配停止とのことで、本当にウイルス感染なのかとか、そもそも心配停止の前の症状無かったのか、色んな可能性の検討が必要そう。一般論として、未知の生物などの分からない現象の解析には、そのような心構えが必要と考える。

そこで、ふと思ったのが、陽性反応って正しいのだろうかということ。誤検知や、測定方法に誤りが無かったかなど。もしかしたら、測定方法で○%は誤りの可能性があるいう事はないだろうか、、、。別のウイルスに反応したなど。（ただし、個人的にも症状的に別のウイルスというのは考えにくいとは思い。）

で、個人的にPCR検査絡みのニュースで気になってたのが以下の2つ。

１）3月11日に発生した成田空港での検査職員の陽性反応

２）アメリカCDCでの検査キットでの配布間違い

１）は以下に書かれているが、検査機器が破損して、その後職員を検査したら2人が陽性だったというもの。
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_10254.html

２）は、2月上旬にCDC(疾病対策予防センター)が配布した検査キットでの試薬が、汚染されていて、回収したというもの。

なお、詳しく知らないが、検査のための検出用プライマーなるものは複数あるように読み取れる。もしかしたら、検査方法も厳密には複数種あるのかもしれない。

そのような事を考えて、ついついタイトルのように再検査してみるのも悪くないだろうと思った次第。

 追記：今日（4月17日）の日経新聞に0歳女児として出ていたが、2回のPCR検査で陰性が確認されたとのこと。入院治療は継続とのことだけど、（集中治療継続との記載でもないので）ひとまずホッ。回復や退院を願いたい。

時々ニュースをウォッチしてたけど、本件は陽性反応や家族は院生である旨以降は、それといった報道もなくて気にしていた。2週間ほど経って陰性ならOKとの流れに沿うことになるので、本ブログで気にしてた陽性になった理由は、優先度落ちた格好というか突き詰めなくてもよいことにもなる。ただ山梨大学病院では、他では発生してないと思われる髄液検での陽性反応も発生しており、少し気にはなる。